生物有機肥根據不同的作物選擇不同的施肥方式，目前很少用于小麥、玉米、水稻等一般大田作物，主要是因為生物有機肥成本較高，更適合于經濟作物和一些收入較好的作物。
常用的一些施肥方法
1.種施法
機播時，將顆粒生物有機肥與少量化肥混勻，隨播種機施入土壤。
2.撒施法
結合深耕或在播種時將生物有機肥均勻地施在根系集中分布的區域和經常保持濕潤狀態的土層中，做到土肥相融。
3.條狀溝施法
條播作物或葡萄等果樹，開溝后施肥播種或在距離果樹5cm處開溝施肥。
4.環狀溝施法
蘋果、桃、梨等幼年果樹，距樹干20－30cm，繞樹干開一環狀溝，施肥后覆土。
5.放射狀溝施
蘋果、桃、梨等成年果樹，距樹干30cm處，按果樹根系伸展情況向四周開4－5個50cm長的溝，施肥后覆土。
6.穴施法
點播或移栽作物，如玉米、棉花、西紅柿等，將肥料施入播種穴，然后播種或移栽。
7.蘸根法
對移栽作物，如水稻、西紅柿等，按生物有機肥加5份水配成肥料懸濁液，浸蘸苗根，然后定植。
8.蓋種肥法
開溝播種后，將生物有機肥均勻地覆蓋在種子上面。
生物有機肥用量是不是越多越好？
施加生物有機肥可以改善土壤結構，為作物和土壤微生物的生長提供良好的營養和環境條件。在土壤中施加很多生物有機肥料，不會像未成熟的有機肥料那樣燒根，但并不是施加越多越好。這是因為農作物產量的高低與土壤中養分含量比較少的一種養分有關，土壤中某種營養元素缺乏，即使其它養分再多，農作物的產量也不會在增加。只有補償土壤中缺少的一部分養分，農作物的產量才會增加。
另外，施肥量超過大過產量施肥量時，作物產量隨施肥量的增加而減少，生產投入成本增加收益減少，經濟上也不合算。因此，不要盲目大量施用生物有機肥料。根據作物的需要和土壤養分狀況，科學確定施肥量，達到增產增收的目的。